Na pierwszym zebraniu organizacyjnym, które odbyło się w lipcu 1957 r., została wybrana pierwsza sześcioosobowa Rada Nadzorcza i trzyosobowy Zarząd Spółdzielni, która otrzymała nazwę MSM „Projektant”. Został przyjęty statut i uchwalony program działania na najbliższe lata.
W 1958 r. Spółdzielnia została wpisana do rejestru sądowego i w tym samym roku na pierwszym Walnym Zebraniu Członków ustalono program inwestycyjny na lata 1958-1961.
W 1959 r. Walne Zebranie zmieniło profil działania Spółdzielni na resortową obejmującą pracowników branży budowlanej, przez co została zmieniona nazwa na MSM „Budowlani”.
W roku 1967 nastąpiła ostateczna zmiana nazwy na Spółdzielnię Mieszkaniową „Mokotów”, która funkcjonuje do dzisiaj.
Od początku istnienia Spółdzielnia związana była z rozwojem Mokotowa – największej dzielnicy Warszawy.
Przez wszystkie lata istnienia S.M. „Mokotów” oddała do użytku wiele budynków mieszkalnych oraz przyjęła do swoich zasobów budynki innych Spółdzielni. Posiadała wiele administracji, które z czasem zaczęły wydzielać się w odrębne spółdzielnie:
- Osiedle „Ksawerów” – jedno z najstarszych osiedli, na terenie którego znajduje się 21 budynków wybudowanych w latach 1961-1970. W 1991 r. wydzieliło się w odrębne Spółdzielnie: „Projektant”, „Oszczędna” i „Ksawerów”.
- Osiedle „Batory” to 5 budynków mieszkalnych powstałych w latach 1966-1970. Teren ten zajmowało kiedyś lotnisko, a niedaleko znajdowały się tory wyścigów konnych. W 1991 r. osiedle wydzieliło się w odrębną Spółdzielnię „Batory-Wschód”
- Osiedle „Puławska” wybudowano w latach 1956-1984, w składa którego wchodziło 20 budynków. Część osiedla była przejęta od innych spółdzielni w efekcie rejonizacji spółdzielczości mieszkaniowej. W 1991 r. wyodrębniły się Spółdzielnie „Dworkowa” i „Pura”, reszta osiedla pozostała w zasobach S.M. „Mokotów”.
- Osiedle „Służewiec” wybudowane w latach 1966-1977 i jeden budynek w 1993 r.; ogółem 22 budynki. W 1996 r. osiedle wydzieliło się w odrębną Spółdzielnię „Służewiec”.
- Osiedle „Domaniewska” to osiedle, w którym inwestycje trwają do dzisiaj. Starsza część osiedla została wybudowana w latach 1973-1987, natomiast nowe budynki powstają od 1999 r.; ogółem w tym okresie oddano do użytku 33 budynki.
W 1991 r. wydzieliła się Spółdzielnia „Modzelewskiego”, a reszta osiedla pozostała w zasobach S.M. „Mokotów”. - Osiedle „Służew nad Dolinką” to 42 budynki oddane do użytku w latach 1975-1990. Rozciąga się ono na obszarze pomiędzy ulicą Puławską a Wilanowem.
W 1991 r. wydzieliło się ono w odrębne Spółdzielnie: „Służew nad Dolinką” i „Nad Potokiem”. - Osiedle „Dąbrowskiego”, jedno z najstarszych w zasobach S.M. „Mokotów”, obejmuje 42 budynki wybudowane w latach 1949-1964, w 1970 r. zostało przejęte od „Warszawskiej Spółdzielni Mieszkaniowej” w ramach rejonizacji.
W 1992 r. wybudowano w tym osiedlu jeden budynek. Do tej pory w całości pozostaje w zasobach S.M. „Mokotów”. - Osiedle „Arbuzowa” wybudowane w latach 1986-1992, w skład którego wchodziło 21 budynków. W 1991 r. wyodrębniło się w Spółdzielnię „Arbuzowa”.
- Osiedle „Wałbrzyska” jest jednym z najmłodszych osiedli Spółdzielni, w którym 11 budynków zostało oddanych do użytku w latach 1993-1999. Osiedle nadal pozostaje w zasobach S.M. „Mokotów”.
- Osiedle „Domaniewska-Nowa” powstało w 2003 r. z nowych inwestycji. Są to dwa budynki wybudowane w latach 1997-1999.
- Osiedle „Wilanowska” powstało w 2004 r., również z nowych inwestycji, pierwotnie wchodzących w skład Os. „Domaniewska”. Jest to 5 budynków wybudowanych w latach 2000-2004.
- Osiedle „Domaniewska II” powstało w 2007 r. po podziale Osiedla „Domaniewska”.
Obecnie w zasobach Spółdzielni Mieszkaniowej „Mokotów” pozostaje 7 osiedli, którymi zarządzają poszczególne administracje. Łączna liczba członków zamieszkujących w osiedlach wynosi ponad 8 tysięcy.